朱由检对于内城已经陷落似乎将信将疑，带领心腹太监王承恩跑到煤山(景山)，四处瞭望，但见烽火烛天，确信内城陷落无疑，才返回乾清宫布置应急善后事宜，他要在自己殉国之前，命令家属先殉国。
他对周皇后说：大势已去，你身为“母仪天下”之人，应该选择光彩而节烈的死。周皇后伤心地痛哭，说道：妾身跟随陛下十八年，今日一同死于社稷，死而无憾。两人泪流满面，相对无语。
接着，他要左右侍从传旨给嫔妃和懿安太后(天启皇后)，命她们自尽，不要坏了皇祖爷的国体。然后吩咐：传主儿来。所谓“主儿”，就是他的三个儿子——太子及定王、永王。
三个儿子赶来，他叫宫女取来旧衣服，亲自给他们换上，系上衣带，告诫他们：你们今日是太子、亲王，城破以后，就是小民了，各自逃生去吧!不必怀恋我，我必定要为社稷而死，否则没有面目见祖宗于地下。你们千万要小心谨慎，如果遇到做官的人，年老的称呼老爷，年轻的称呼相公;如果遇到平民，年老的称呼老爹，年轻的称呼老兄;文人称呼先生，军人称呼长官。然后交代一句：万一不死，将来不要忘了报父母之仇，不要忘了我今日的告诫。这是他作为一个父亲对儿子的临终嘱托，在深宫之中长大，不了解外界世俗民情的皇子，如何在这个乱世安身立命。父子亲情中流露出无限的感慨，终于在临别时爆发出来，大声地嚎叫：你们三人为何不幸而生在我家!说罢无所顾忌地大哭起来，左右的侍从都被这生离死别的情景感动得失声痛哭。
周皇后在诀别三个儿子后，痛哭着返回坤宁宫。朱由检目送太监带着三个儿子出宫，急忙来到坤宁宫，看到周皇后已经上吊自尽，连声说：好!好!十六岁的长平公主(朱由检的长女)在一旁哀伤地哭着。这样一位婷婷玉立的花季少女，落入敌人手里，后果不堪设想;但是又不忍心叫她自杀，朱由检只得自己下手，结束她的生命。叹息着对她说：你为什么生在我家?乘她不备，拔剑向她砍去，公主本能地用手臂挡了一下，手臂被砍断，血流如注，当即昏厥过去。
农民军进入紫禁城后，以为她已经死了，把她抬到外公周奎家，料理后事。不料五天以后，她苏醒了。顺治二年，长平公主请求出家为尼，清朝当局没有批准，要她与朱由检选定的驸马都尉周世显完婚。次年，她因思念父母，过度悲伤，吐血而死，年仅十八岁。松江人张宸深深为之感动，写了一篇《长平公主诔》，用典雅的文字来哀悼这位不幸的公主。
却说朱由检从坤宁宫赶往南宫(仁寿殿)，命令宫女动员懿安太后张氏自缢，便仓促离去。张太后并不知道外界的情况，没有自缢。次日凌晨，宫女喧哗，慌乱一片。张氏知道大事不好，便悬梁自尽。宫女把她救下，送入侧室休息。几个时辰以后，张氏在侧室自缢。农民军先头部队进入宫内，砍断绳索，张氏逐渐苏醒。这时农民军将领李岩进来，他一向敬佩太后，命令士兵不可对她凌辱。当天晚上，张氏从容自缢。后来，清朝当局把她安葬于熹宗的德陵。
朱由检从张太后那里出来，已经是深夜了。留给自己的时间不多了，他必须尽快为自己安排光彩而体面的死。轮到他选择去路了，他要壮烈地告别人世，告别他临朝十七年的紫禁城，告别他的“皇祖爷”朱元璋一手打下的天下——大明王朝。
然而，这种壮烈的告别，实在冷冷清清、凄凄惨惨戚戚，天空一片黑暗，一片寂静，没有任何的旁观者和见证者。朱由检在司礼监太监王承恩陪同下，来到煤山(景山)，在寿星亭附近一颗大树下，上吊自尽，王承恩随后也上吊殉葬。他们两个在黑暗阴冷的夜空中，形影相吊，终于和纷繁扰攘的人世永远告别了。
这是一个值得历史铭记的重要的时刻，即：崇祯十七年(1644)三月十八日后半夜，也就是十九日的子时(午夜一点左右)。
